Tendo em conta que o setor alimentar nos Açores cobre diversas atividades económicas (da agricultura e das pescas, à indústria e aos serviços), que ocupam uma elevada percentagem da população ativa dos Açores, e que incluem diversos produtos alimentares tradicionais (alguns dos quais com Designação de Origem Protegida - DOP), o Projeto SEPROQUAL – Inovação foi implementado segundo 4 sub-programas específicos:

i) SEPROQUAL – Inovação Laticínios: visando a caracterização dos processos tecnológicos, químicos e microbiológicos dos queijos tradicionais dos Açores, com vista à otimização das condições higiénicas de fabrico, bem como o desenvolvimento de produtos de maior alto valor comercial. Foram estudados o Queijo de São Jorge, o Queijo "tipo ilha", o Queijo do Pico e o Queijo do Corvo.

ii) SEPROQUAL – Inovação Carnes: incluindo os seguintes programas de trabalho: a) valorização da qualidade da carne de bovino dos Açores IGP; b) qualidade da carcaça e da carne de vacas leiteiras reformadas da Região Autónoma dos Açores e, c) caracterização e inovação da salsicharia tradicional da Região Autónoma dos Açores.

iii) SEPROQUAL – Inovação Pescado: incluindo o desenvolvimento de ações de apoio tecnológico visando a valorização comercial de espécies piscícolas de baixo valor comercial (e.g. veja, peixe-espada branco, chicharro, peixe-porco, cavala e tunídeos), nomeadamente ao nível da implementação de diversos processos de fabrico (operações de filetagem, de embalamento, de refrigeração, de congelação, de esterilização e de aproveitamento de resíduos) e de apoio laboratorial, em termos de análises químicas e microbiológicas, com vista a uma correta rotulagem dos produtos.

iv) SEPROQUAL – Inovação Artesanato: com incidência especial na produção de bens alimentares da área da doçaria regional, com crescente procura por parte dos consumidores (em particular devido ao desenvolvimento do turismo) e integrando um setor económico de reconhecido valor cultural e social e gerador de emprego, especialmente feminino.